クアッドタイプをビルボードに設定したエフェクトに対して、
ゲーム上で BMEffect::SetMatrix() 関数にて回転行列を設定しても反映されないのは仕様でしょうか？

やはり任意の回転行列、例えばZ軸回転でエフェクトの向きを変えた状態でビルボードにはならないのでしょうか？